A pesar de que Linux es, en sentido estricto, el sistema operativo, parte fundamental de la interacción entre el hardware y el usuario se maneja usualmente con las herramientas (tanto otros programas de sistema como programas de aplicación) del proyecto GNU y con entornos de escritorio basados en GNOME, que también forma parte del proyecto GNU aunque tuvo un origen independiente. Como el Proyecto GNU destaca,4 GNU es una distribución, usándose el término sistema operativo en el sentido empleado en el ecosistema Unix, lo que en cualquier caso significa que Linux es solo una pieza más dentro de GNU/Linux. Sin embargo, una parte significativa de la comunidad, así como muchos medios generales y especializados, prefieren utilizar el término Linux para referirse a la unión de ambos proyectos. Para más información consulte la sección "Denominación GNU/Linux" o el artículo "Controversia por la denominación GNU/Linux".
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